Program Kegiatan yang dimiliki MIS Wahdatul Ikhwan adalah sebagai berikut :
1. Perayaan Hari Besar Islam
2. Peringatan Hari Besar Nasional
3. Pesantren Kilat
4. Studi Tour
5. Pentas Seni dan Pameran
6. Class Meeting
7. Outbond
8. Kemah Pramuka
9. Perpisahan dan Kenaikan Kelas